在正常使用過程中，反滲透膜元件會受到無機鹽垢、微生物、膠體顆粒和不溶性有機物質的污染。繼而就可能出現這些情況，標準化壓差上升15%；標準化產水量降低 10%以上；標準化透鹽率增加 5%以上。

當系統出現這些情況時，一般就會認為系統需要進行反滲透膜元件的清洗。由于清洗液 pH 值范圍可能在 1~13 之間，因此清洗系統應采用耐腐材料建造，典型的清洗系統中主要的清洗水箱和清洗水泵的設計方法流程如下：
    (1)清洗水箱的設計：
    清洗水箱大小=所有壓力容器的體積+清洗液循環管路的體積+溢流裕度，根據長期的計算驗證，可簡化為根據膜支數以及污染程度來確定清洗水箱的大小。

    (2)清洗水泵的設計東麗液體分離膜產品反滲透膜元件：
    A、流量
    ①對于一般污染情況：每支 4 英寸壓力容器 1.5 m3/h，每支 8 英寸壓力容器 6 m3/h；
    ②對于嚴重污染情況：每支 4 英寸壓力容器 2.2 m3/h，每支 8 英寸壓力容器 9 m3/h。
    B、壓力
    泵的揚程范圍為 10m~20m，其壓力僅需達到足以補充進水至濃水的壓力損失即可，不會產生明顯的滲透產水，這樣可以減低污垢再次沉淀到反滲透膜表面。
    注意事項：
    為清洗溶液提供獨立的回水管，在整個清洗期間，產品水回流到清洗水箱中；
    清洗水箱的設計能夠充分排水；
    清洗和產水回流管的末端應該浸沒在清洗容器內的溶液中，以避免形成泡沫；
    使用過的清洗溶液在排出之前進行中和或處理，要考慮當地對化學物質排放的有關規定；
    工作中采用化學物質時，要遵守相應的安全規定，配戴眼睛防護罩、防護帽、防護手套、防護服以及橡膠圍裙等。